一是改革完善资金管理机制。探索建立了“统一标准、分级负担、分级管理、绩效考核分配”、“财政专户管理、国库直接支付、资金封闭运行”和“财政年初预算统一安排、分季预拨资金、年末统一结算”模式的项目资金筹集、支付、使用、监督管理新机制，强化了项目资金的保障能力、激励与约束作用和运行安全。
   二是创新建立绩效奖补机制。将考核结果直接与经费拨付挂钩，放大了绩效管理效果。同时，每年还新增基层机构人员工资总额的10%用于绩效奖励，进一步调动了基层服务人员的积极性。
   三是逐级强化数据审核机制。建立了全省医改监测数据报送网络和逐级会审制度，实现了各级卫生行政部门对基本公共卫生服务项目进展情况的及时掌握和动态管理。
   四是建立管理经费保障机制。各级政府将基本公共卫生服务项目管理经费纳入年度预算管理，建立了稳定的项目日常工作经费财政保障机制。
   五是建立强化内部协调机制。各有关处室和各直属相关专业机构都要确定1名业务能力强、素质好的正式工作人员专门负责此项工作，由厅妇社处统一调度，定期召开项目工作协调会。